心理咨询师证书的级别是由中国心理学会颁发的，而不是中国科学院，心理咨询师的资格认证分为三个等级：初级、中级和高级。

1、初级心理咨询师：初级心理咨询师是指具备一定的心理学基础知识和心理咨询技能，能够在指导下开展心理咨询工作的人员，初级心理咨询师需要通过中国心理学会组织的初级心理咨询师资格考试，考试内容包括心理学基础知识、心理咨询基本技能等，通过考试后，可以获得中国心理学会颁发的初级心理咨询师资格证书。

2、中级心理咨询师：中级心理咨询师是指在初级心理咨询师的基础上，具备较强的心理学理论知识和心理咨询技能，能够独立开展心理咨询工作的人员，中级心理咨询师需要通过中国心理学会组织的中级心理咨询师资格考试，考试内容包括心理学理论知识、心理咨询技能、心理测评技术等，通过考试后，可以获得中国心理学会颁发的中级心理咨询师资格证书。

3、高级心理咨询师：高级心理咨询师是指在中级心理咨询师的基础上，具备丰富的心理学理论知识和心理咨询技能，能够独立开展心理咨询工作并具有一定的研究能力的人员，高级心理咨询师需要通过中国心理学会组织的高级心理咨询师资格考试，考试内容包括心理学理论知识、心理咨询技能、心理测评技术、心理咨询研究等，通过考试后，可以获得中国心理学会颁发的高级心理咨询师资格证书。

需要注意的是，中国科学院并没有直接参与心理咨询师的资格认证工作，中国科学院是中国最高学术机构和全国自然科学与高新技术的综合研究与发展中心，主要负责科学研究、人才培养、科技成果转化等方面的工作，而中国心理学会是全国性的心理学专业学术团体，负责组织和实施心理咨询师的资格认证工作，在了解心理咨询师证书级别时，应该关注中国心理学会的相关规定和要求。