家庭教育指导师的发证部门主要有两个，分别是中国国家人力资源和社会保障部和中国国家卫生健康委员会，这两个部门都是我国政府主管的教育和卫生领域的主管部门，对于家庭教育指导师的培训、考试和发证都有着严格的标准和程序。
中国国家人力资源和社会保障部是负责全国职业资格证书制度的管理机构，其下设的职业技能鉴定中心负责家庭教育指导师的培训和考试工作，在培训阶段，学员需要参加由职业技能鉴定中心组织的培训课程，学习家庭教育的基本理论、方法和技巧，以及相关的法律法规和职业道德规范，培训结束后，学员需要参加由中国国家人力资源和社会保障部组织的考试，通过考试后才能获得家庭教育指导师的职业资格证书。
中国国家卫生健康委员会也是家庭教育指导师发证部门之一，作为我国卫生健康领域的主管部门，其下设有多个专门负责教育培训和管理的机构，如卫生健康人才教育中心等，这些机构负责组织和实施家庭教育指导师的培训和考试工作，同时还会对家庭教育指导师进行资格认证和管理，在获得家庭教育指导师职业资格证书的基础上，学员还需要通过卫生健康人才教育中心的认证，才能成为正式的家庭教育指导师。
无论是中国国家人力资源和社会保障部还是中国国家卫生健康委员会，都是我国政府主管的教育和卫生领域的主管部门，对于家庭教育指导师的培训、考试和发证都有着严格的标准和程序，想要成为一名合格的家庭教育指导师，就需要通过这两个部门的认证和考核。
