家庭教育指导师的发证单位主要有两个，分别是中国国家卫生健康委员会和中国国家人力资源和社会保障部，这两个部门分别负责对家庭教育指导师的职业资格认证和职业技能培训。
中国国家卫生健康委员会(简称国家卫健委)是国家级的卫生健康管理机构，负责制定和实施国民健康政策、法规和标准，在家庭教育领域，国家卫健委通过制定相关政策和指南，为家庭教育指导师的职业发展提供指导，国家卫健委还会定期组织专家对家庭教育指导师的专业知识和技能进行评估，以确保家庭教育指导师具备较高的专业素质。
中国国家人力资源和社会保障部(简称人社部)是国家级的人力资源和社会保障管理机构，负责制定和实施国家职业资格证书制度，在家庭教育领域，人社部通过开展职业技能培训和考核，对家庭教育指导师进行职业资格认证，家庭教育指导师需要参加人社部组织的培训课程，并通过考试获得相应的职业资格证书，方可从事家庭教育指导工作。
家庭教育指导师的发证单位主要由中国国家卫生健康委员会和中国国家人力资源和社会保障部共同承担，这两个部门分别从政策制定、专业培训和职业资格认证等方面对家庭教育指导师进行全面管理和监督，确保家庭教育指导师具备较高的专业素质，为广大家长提供优质的家庭教育服务。
