在回答这个问题之前，我们需要先了解一下医师证和养生馆针灸的相关背景。

医师证是指具备一定医学知识和技能的医生所持有的证书，医师资格证是医生从医的必备证件，只有取得医师资格证的医生才能在医疗机构执业，而养生馆则是一个提供各种健康养生服务的场所，如推拿、拔罐、针灸等。

针灸是中医学的一种治疗方法，已经有几千年的历史，它通过在人体特定的穴位上刺激，来调节人体的气血、阴阳平衡，从而达到治疗疾病的目的，针灸在临床上已经广泛应用于各种疾病的治疗，如疼痛、消化不良、失眠等。

有医师证的医生在养生馆进行针灸治疗是否合法呢？

根据中国的法律法规，未经批准的医疗机构和个人不得从事医疗活动，如果一个养生馆没有经过相关部门的审批，擅自开展针灸治疗，那么这些行为就是违法的，即使是有医师证的医生在这样的养生馆进行针灸治疗，也是不合法的。

如果一个养生馆已经取得了相关部门的审批，具备合法的资质，那么在这个养生馆里工作的医生是可以合法地进行针灸治疗的，因为这些医生已经在正规的医疗机构接受了专业的培训和考核，具备了一定的医学知识和技能，这些养生馆也会对医生的操作进行监督和管理，以确保患者的安全。

有医师证的医生在养生馆进行针灸治疗是否合法，取决于养生馆是否具备合法的资质，如果养生馆没有取得相关部门的审批，那么这种行为是不合法的，而如果养生馆具备合法的资质，那么在这里工作的医生是可以合法地进行针灸治疗的，为了保障患者的权益和安全，建议大家在选择养生馆进行治疗时，要选择具有合法资质的正规机构。