中医针灸理疗师证书的发放部门有很多，其中包括国家中医药管理局、各省市卫生局、中医药学会等，不同的部门颁发的证书在含金量上可能有所不同，但都是经过严格考核和认证的，如果您想要考取中医针灸理疗师证书，建议您选择正规的培训机构进行学习，并参加由相关部门组织的考试。
您还可以参考以下几点来选择证书发放部门：
1、了解部门的背景和资质：不同部门在颁发证书时所依据的标准和要求可能不同，因此您需要了解各部门的背景和资质，以便更好地选择适合自己的证书。
2、参考其他学员的经验：您可以向已经获得中医针灸理疗师证书的学员了解他们所在机构的情况，以及该机构是否具有权威性和可信度。
3、考虑培训课程的质量：无论您选择哪个部门颁发的证书，都需要参加培训课程才能获得证书，您需要考虑培训课程的质量和内容是否符合您的需求。
选择哪个部门颁发中医针灸理疗师证书并不是最重要的问题，最重要的是您能否真正掌握相关知识和技能，并且能够在实际工作中发挥出应有的作用。