高级农艺师证书颁发机构是指在农业领域内，负责对具有高级农艺师职称的人员进行资格认证和证书颁发的权威机构，这些机构通常由国家相关部门或行业协会设立，负责制定高级农艺师的评定标准、组织评审工作、发放证书等，在中国，高级农艺师证书的颁发主要由以下几个部门负责：
1、农业农村部：农业农村部是国家级农业主管部门，负责全国农业和农村工作的领导和管理，农业农村部设有农业科技教育司，负责全国农业科技教育工作的组织和实施，农业科技教育司下设农业科技人才与技术推广处，负责高级农艺师的评定和证书颁发工作。
2、中国农业科学院：中国农业科学院是中国最高学术机构和综合性研究机构，负责农业科技研究和推广工作，中国农业科学院设有农业科技发展研究所，负责高级农艺师的评定和证书颁发工作。
3、中国农业大学：中国农业大学是中国著名的农业高等院校，拥有众多高级农艺师，学校设有农业科技学院，负责高级农艺师的评定和证书颁发工作。
4、各省、自治区、直辖市农业农村厅(局):各省、自治区、直辖市农业农村厅(局)是地方级农业主管部门，负责本行政区域内农业和农村工作的领导和管理，各省、自治区、直辖市农业农村厅(局)下设农业科技教育处，负责高级农艺师的评定和证书颁发工作。
5、行业协会：在中国，有一些专门从事农业科技推广和服务的行业协会，如中国农业技术推广协会、中国农民专业合作社协会等，这些行业协会也参与高级农艺师的评定和证书颁发工作，通过与政府部门合作，共同推动高级农艺师队伍的发展。
6、国家职业资格培训鉴定中心：国家职业资格培训鉴定中心是由人力资源和社会保障部设立的职业技能鉴定机构，负责全国职业技能鉴定工作的组织和管理，国家职业资格培训鉴定中心设有农业职业技能鉴定站，负责高级农艺师的职业技能鉴定和证书颁发工作。
高级农艺师证书颁发机构涉及多个部门和机构，共同构成了一个完整的管理体系，这个体系旨在规范高级农艺师的评定和证书颁发工作，提高农业科技人才的专业素质，促进农业科技的发展和推广。