中医理疗师证发证机关是指负责颁发中医理疗师资格证书的政府部门或机构，在中国，中医理疗师证书的发放主要由国家卫生健康委员会(原卫生部)和各省、自治区、直辖市卫生健康委员会负责，还有一些行业性的中医理疗师证书，如中华中医药学会、中国针灸学会等专业组织的培训合格证书。
我们来了解一下国家卫生健康委员会(原卫生部)的职责，国家卫生健康委员会是中华人民共和国国务院组成部门，主要负责全国卫生健康工作的领导、监督和管理，在中医药领域，国家卫生健康委员会负责制定中医药发展规划、政策和标准，组织实施中医药事业改革发展重大事项，推动中医药科技创新和人才培养等工作。
在中医药理疗领域，国家卫生健康委员会会同相关部门制定相关政策和标准，指导和规范中医理疗师的培训、考试和发证工作，中医理疗师需要参加由国家卫生健康委员会或其授权的机构举办的培训课程，学习中医基础理论、临床诊疗技能以及相关的法律法规知识，完成培训后，学员需参加统一组织的考试，考试合格后方可获得中医理疗师资格证书。
各省、自治区、直辖市卫生健康委员会也会承担一定的中医理疗师证书发放工作，他们根据国家卫生健康委员会的指导意见和要求，制定本地区的中医理疗师培训和考试计划，组织相关人员参加培训和考试，考试合格后，学员需向当地卫生健康委员会申请领取中医理疗师证书。
除了国家级和省级卫生健康委员会外，一些行业性的中医理疗师证书也受到广泛认可，中华中医药学会作为我国中医药领域的权威组织，负责组织和管理中医药学术交流、科研合作、人才培养等工作，中华中医药学会会定期举办中医理疗师培训班，培训合格者可获得中华中医药学会颁发的中医理疗师证书，同样，中国针灸学会等其他专业组织也有类似的培训和发证机制。
中医理疗师证发证机关主要包括国家卫生健康委员会(原卫生部)和各省、自治区、直辖市卫生健康委员会，以及一些行业性的中医理疗师证书发证机构，这些机构共同负责中医理疗师的培训、考试和发证工作，确保中医理疗师具备扎实的理论知识和临床技能，为人民群众提供优质的中医理疗服务。