中医针灸理疗师证书的发放部门主要由国家卫生健康委员会、中医药管理部门以及相关职业技能鉴定机构负责，这些部门共同负责对中医针灸理疗师的培训、考核和证书发放工作，以确保中医针灸理疗师的专业素质和技能水平。
国家卫生健康委员会是中医针灸理疗师证书发放的主要部门之一，国家卫生健康委员会作为国务院组成部门，负责制定和实施卫生健康事业的发展战略、规划和政策，对全国卫生工作进行指导和管理，在中医针灸理疗师培训和证书发放方面，国家卫生健康委员会会同相关部门制定统一的标准和规范，确保中医针灸理疗师的专业素质得到保障。
中医药管理部门也是中医针灸理疗师证书发放的重要部门，中医药管理部门主要负责中医药的传承、发展和管理，对中医药行业的政策、法规和标准进行制定和监督，在中医针灸理疗师培训和证书发放方面，中医药管理部门会同相关部门对培训机构进行资质审查，确保培训质量；对参加培训并通过考核的学员进行证书发放，确保证书的合法性和权威性。
相关职业技能鉴定机构也承担着中医针灸理疗师证书发放的任务，职业技能鉴定机构是经国家批准设立，具有独立法人资格的社会组织，负责职业技能水平的评价和认证，在中医针灸理疗师培训和证书发放方面，职业技能鉴定机构会同相关部门对培训课程、教学内容和考核标准进行制定，组织相关培训和考核活动，最终对合格学员颁发中医针灸理疗师证书。
中医针灸理疗师证书的发放部门主要包括国家卫生健康委员会、中医药管理部门以及相关职业技能鉴定机构，这些部门共同负责中医针灸理疗师的培训、考核和证书发放工作，以确保中医针灸理疗师的专业素质和技能水平得到充分保障，在实际操作中，这些部门会根据实际情况不断调整和完善相关政策和措施，以适应中医针灸理疗行业的发展需求。