运动康复师证发证机构主要分为两大类：政府部门和行业协会，政府部门主要包括国家卫生健康委员会、各省市卫生健康委员会等，行业协会则包括中国康复医学会、中国体育科学学会等，这些发证机构负责对运动康复师的培训、考核和资质认证，以确保运动康复师具备专业的技能和知识，为患者提供高质量的康复服务。
1、国家卫生健康委员会
国家卫生健康委员会(简称国家卫健委)是中华人民共和国国务院组成部门之一，负责全国卫生和健康工作的综合领导，国家卫健委下设多个司局，其中包括卫生应急办公室、基层卫生司、疾病预防控制局等，在运动康复领域，国家卫健委通过制定相关政策、标准和规范，对运动康复师的培训、考核和资质认证进行指导和监管。
2、各省市卫生健康委员会
各省市卫生健康委员会是在国家卫生健康委员会下设的地方卫生行政部门，负责本行政区域内的卫生和健康工作，各省市卫生健康委员会在国家卫健委的指导下，负责本地区运动康复师的培训、考核和资质认证工作，各地可以根据本地实际情况，制定具体的培训计划和考核标准，确保运动康复师的专业素质和技能水平。
3、中国康复医学会
中国康复医学会(CISM)是中国唯一的全国性康复医学专业组织，成立于1984年，中国康复医学会致力于推动康复医学的发展，提高康复医疗服务水平，为会员提供学术交流、技术支持和职业发展等服务，中国康复医学会通过组织各类学术活动、培训班和考试，对运动康复师进行专业培训和考核，发放合格证书。
4、中国体育科学学会
中国体育科学学会(CAS)是中国体育领域的综合性学术组织，成立于1958年，中国体育科学学会下设多个专业委员会，其中包括运动康复专业委员会，运动康复专业委员会负责组织和推动运动康复领域的学术研究、教育培训和国际交流等工作，通过与中国康复医学会等合作，中国体育科学学会为运动康复师提供专业培训、考核和资质认证服务。
5、其他行业协会和培训机构
除了上述几个主要的发证机构外，还有一些行业协会和培训机构也提供运动康复师的培训和考核服务，中国残疾人联合会设有残疾人康复职业技能培训中心，为残疾人提供康复技能培训；一些大型医院和专科医院也设有自己的康复科或康复中心，为患者提供专业的康复治疗服务。
运动康复师证发证机构主要分为政府部门和行业协会两大类，这些发证机构通过制定培训计划、考核标准和资质认证程序，确保运动康复师具备专业的技能和知识，为患者提供高质量的康复服务，随着康复医学的不断发展和技术的进步，未来还将有更多的发证机构涌现，为运动康复师提供更多的学习和发展机会。