中医针灸理疗师证书的发放部门有很多，其中包括国家中医药管理局、各省市中医药管理部门、职业培训机构等，不同的发放部门对于证书的认可程度和权威性也有所不同，选择哪个部门发证好一点需要根据自己的实际情况来决定。
国家中医药管理局是国家级的中医药管理机构，其颁发的证书具有最高的权威性和认可度，如果您想要在中医针灸领域有更好的发展，那么获得国家中医药管理局颁发的证书无疑是最好的选择，由于国家中医药管理局的证书数量有限，申请难度较大，需要具备一定的条件和经验才能通过审核。
各省市中医药管理部门也是比较常见的证书发放部门之一，这些部门通常是由地方政府或卫生行政部门授权管理的，其颁发的证书也具有一定的权威性和认可度，与国家中医药管理局相比，各省市中医药管理部门的证书数量较多，申请难度相对较小，但可能在某些地区的就业和晋升方面会受到一定的影响。
职业培训机构也是提供中医针灸理疗师证书培训和考试的机构之一，这些机构通常是为了满足市场需求而设立的，其颁发的证书可能没有国家中医药管理局和各省市中医药管理部门那么权威和认可度高，如果您的时间和经济条件有限，或者您希望先通过培训和考试来提高自己的技能水平再考虑是否获得证书，那么选择职业培训机构也是一个不错的选择。
选择哪个部门发证好一点需要根据自己的实际情况来决定，如果您想要在中医针灸领域有更好的发展并获得更高的社会地位和收入水平，那么建议优先考虑国家中医药管理局颁发的证书；如果您的时间和经济条件有限，或者您只是想初步了解和学习中医针灸知识，那么可以选择职业培训机构进行培训和考试，无论您选择哪个部门发证，都需要注重学习和实践，不断提高自己的专业技能水平和综合素质。