运动康复师证发证机构主要由以下几个部门组成：
1、国家卫生健康委员会(National Health Commission of the People's Republic of China,简称NHC):作为我国最高卫生健康行政管理部门，NHC负责制定和发布全国性的卫生健康政策、法规和标准，对运动康复行业的监管和指导具有重要地位，NHC下设的卫生发展研究中心(Center for Development and Research on Health,简称CDRH)负责运动康复领域的研究工作，为运动康复师证发证机构提供技术支持和政策建议。
2、中国康复医学会(Chinese Society of Rehabilitation Medicine,简称CSM):中国康复医学会是我国康复医学领域的权威组织，负责组织和开展康复医学的学术交流、科研合作和人才培养等工作，CSM对运动康复师的培训、考核和认证工作具有重要作用，其颁发的运动康复师证书具有较高的权威性和认可度。
3、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会：各级卫生健康委员会在NHC的指导下，负责本地区运动康复师的培训、考核和发证工作，各级卫生健康委员会下设的卫生教育处、职业技能鉴定中心等机构负责具体的业务操作，确保运动康复师证的规范发放。
4、职业培训机构：为了提高运动康复师的整体素质和专业水平，各级卫生健康委员会还会与职业培训机构合作，开展运动康复师的培训课程，这些培训机构通常具备一定的师资力量和教学设施，能够为学员提供系统的理论知识和实践技能培训。
5、企事业单位：在企事业单位中，运动康复师主要负责员工的健康管理和康复治疗工作，企事业单位可以根据自身需求，与职业培训机构合作，组织员工参加运动康复师培训，提高员工的健康水平和工作效率。
6、社会组织和民办非企业单位：社会组织和民办非企业单位也可以参与运动康复师的培训和发证工作，这些组织通常具备一定的社会服务功能，可以为运动康复师提供更多的实践机会和就业岗位。
运动康复师证发证机构主要由国家卫生健康委员会、中国康复医学会、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会、职业培训机构、企事业单位以及社会组织和民办非企业单位等部门组成，这些部门共同推动运动康复行业的发展，为广大人民群众提供优质的康复服务。