音乐疗愈师证书考试共分为两大科目，理论知识和实践操作。 理论知识主要是音乐治疗理论常识类内容和音乐理论的基础知识，考察考生对不同类型音乐作品的分析和欣赏能力；实践操作包括乐器演奏和音乐治疗的方案的撰写。
初级资格考试的内容包括：
- 音乐治疗知识：音乐治疗理论常识、接受式音乐治疗方法的临床应用、长、短期治疗目标的制定。
- 音乐技能：基本乐理常识、中外经典音乐作品分辨(音乐专业背景人员免考)。
- 医学常识：生理解剖常识、各种常见疾病的临床诊断标准，包括精神科、老年病、智力障碍和孤独症儿童等等。 (医学背景人员免考)
- 心理学常识：变态心理常识、心理咨询及治疗常识。 (心理咨询/治疗专业背景，或已获得国家三级以上心理咨询师资格人员免考)
中级资格考试的内容包括：
- 音乐治疗知识：再创造音乐治疗方法的临床应用、即兴演奏音乐治疗方法的临床应用、音乐治疗的评估技术。
- 音乐理论：和声基础知识。
- 声乐：不同风格歌曲三首，唱法不限，美声、民族、或流行唱法均可。
- 器乐：仅限于钢琴、吉它、或手风琴。