1、国家卫生健康委员会(National Health Commission of the People's Republic of China,简称NHC):作为国家级卫生行政部门，NHC负责制定和发布全国性的卫生健康政策、法规和标准，在小儿推拿按摩师职业资格证书的颁发方面，NHC会根据相关政策和标准，对符合条件的申请人进行审核和认证，并颁发相应的职业资格证书。

2、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会(Health Commission of provinces, autonomous regions and municipalities directly under the Central Government):各级卫生健康委员会在NHC的指导下，负责本行政区域内的卫生健康工作，在小儿推拿按摩师职业资格证书的颁发方面，各地卫生健康委员会会根据国家统一的证书标准和要求，对本地区申请人进行审核和认证，并颁发相应的职业资格证书。

3、行业协会或组织：有一些专门从事小儿推拿按摩行业的协会或组织，如中国小儿推拿按摩协会(China Association of Infant Massage)，这些协会或组织会根据国家相关政策和标准，对申请成为小儿推拿按摩师的人员进行培训和考核，并协助发放职业资格证书。

4、培训机构：为了培养小儿推拿按摩师的专业人才，一些培训机构也会提供相关的课程和培训服务，在学员完成培训并通过考核后，培训机构会协助学员向相关部门申请职业资格证书。

5、企事业单位：部分企事业单位也会设立专门的小儿推拿按摩岗位，对从业人员进行专业的技能培训和考核，在员工通过培训并获得职业资格证书后，单位会为其发放证书。

小儿推拿按摩师职业资格证书的发证机关主要包括国家卫生健康委员会、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会、行业协会或组织、培训机构以及企事业单位等，申请人需要根据自己的实际情况选择合适的发证机关进行申请，为了确保小儿推拿按摩师的专业素质和技能水平，持有职业资格证书的人员还需要定期进行继续教育和技能提升。