中医养生指导师证书发证机关是指负责颁发中医养生指导师资格证书的政府机构或相关部门，中医养生指导师证书的发证机关主要有以下几个：

1、国家卫生健康委员会(原卫生部):作为中国政府部门的最高卫生健康管理机构，国家卫生健康委员会负责制定和发布中医药行业的政策法规，对中医药行业进行监督管理，国家卫生健康委员会也是中医养生指导师证书的主要发证机关之一。

2、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会：各级卫生健康委员会在国家卫生健康委员会的领导下，负责本行政区域内的卫生健康工作，各省、自治区、直辖市卫生健康委员会也会颁发中医养生指导师证书。

3、中医药行业协会：中医药行业协会是一个非营利性的社会团体组织，旨在推动中医药事业的发展，一些中医药行业协会也会承担中医养生指导师证书的发放工作。

4、人力资源和社会保障部门：部分地区人力资源和社会保障部门也会颁发中医养生指导师证书，但这主要针对已经具备一定职业技能的中医师或者从事中医药相关工作的人员。

5、其他相关机构：如中医药高等院校、职业培训机构等，也会根据相关规定颁发中医养生指导师证书。

中医养生指导师证书的发证机关主要是国家卫生健康委员会、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会以及中医药行业协会等，部分地区还可能由人力资源和社会保障部门或其他相关机构颁发，在考取中医养生指导师证书时，应向相应的发证机关咨询具体事宜。