自闭症疗愈师资格证是由各国政府或专业机构颁发的，以证明持有人具备从事自闭症疗愈工作的专业知识和技能，自闭症疗愈师资格证主要由以下几个部门发放：

1、中国残疾人联合会：中国残疾人联合会是一个全国性的社会团体，负责代表和维护残疾人的合法权益，该组织会定期举办自闭症康复培训班，合格者可获得自闭症疗愈师资格证书。

2、各省市残疾人就业服务机构：各省市残疾人就业服务机构负责为本地区的残疾人提供就业服务，包括职业培训、职业介绍等，在这些机构，有兴趣从事自闭症疗愈工作的人员可以参加相关培训课程，合格者可获得自闭症疗愈师资格证书。

3、专业培训机构：部分专业培训机构也提供自闭症疗愈师资格证培训课程，如特殊教育学校、康复中心等，学员在完成相关课程学习和实践操作后，可以获得自闭症疗愈师资格证书。

4、国际组织：如美国的Autism Speaks、英国的National Autistic Society等国际组织也会提供自闭症疗愈师资格证培训课程，学员在完成课程后可以获得这些组织的认证证书。

需要注意的是，不同国家和地区对于自闭症疗愈师资格证的颁发标准和程序可能有所不同，因此在申请过程中需要仔细了解当地的相关规定，自闭症疗愈师这个职业在国内外都相对较新，目前市场上的证书质量参差不齐，建议在选择培训机构时要慎重考虑，尽量选择有良好口碑和实力的机构进行培训。