营养师资格证的发证机关是指负责管理和监督营养师职业资格认证工作的政府部门或机构，在中国，营养师资格证的发证机关主要由国家卫生健康委员会(原卫生部)和各省、自治区、直辖市卫生健康委员会共同承担，这些部门负责制定营养师资格考试的大纲、报名条件、考试内容和标准，组织和管理营养师资格考试，对合格考生颁发营养师资格证书。
自2017年起，国家卫生健康委员会将原来的卫生行业职业技能鉴定中心调整为职业技能等级认定中心，负责全国范围内的职业技能等级认定工作，营养师资格证的发证机关也从原来的卫生行业职业技能鉴定中心变更为职业技能等级认定中心。
在国际上，不同国家的营养师资格证发证机关可能有所不同，在美国，营养师资格证通常由美国膳食协会(American Dietetic Association,简称ADA)颁发，ADA是美国最具权威的营养学专业组织，负责制定营养学领域的标准和指南，对会员进行专业培训和考核，并颁发相应的营养师资格证书。
在其他国家，如加拿大、澳大利亚等，也有类似的专业组织负责营养师资格证的颁发和管理，这些组织通常是由政府批准设立的非营利性机构，旨在保障公众的健康和福祉。
营养师资格证的发证机关是一个涉及公共卫生、教育和专业培训等多个领域的综合性机构，在我国，国家卫生健康委员会和各省、自治区、直辖市卫生健康委员会共同承担这一职责，确保营养师的专业素质和能力得到有效监管和保障，在国际上，各国的营养师资格证发证机关也有各自的特点和职责，但都致力于提高公众的健康水平和生活质量。