中医针灸师证办理机构是指负责中医针灸师证书审批的各级政府部门、事业单位和社会团体，在中国，中医针灸师证办理机构主要包括以下几个部门：
1、国家中医药管理局
国家中医药管理局是中华人民共和国国务院直属的部门，主要负责中医药事业的管理和监督，国家中医药管理局下设多个司局，其中包括针灸医疗司，针灸医疗司负责中医药行业的发展和规划，包括中医针灸师的培训、考试和证书颁发等工作，在国家中医药管理局的指导下，各地中医药管理部门也会对中医针灸师的培训和考试进行监管。
2、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会
各省、自治区、直辖市卫生健康委员会是地方政府下属的部门，主要负责本地区的卫生健康工作，在卫生健康委员会中，通常设有中医药管理处或中医药处，负责本地区的中医药事业的发展和管理，在中医药管理处或中医药处中，也会对中医针灸师的培训和考试进行监管。
3、中医药行业协会
中医药行业协会是由中医药行业的企事业单位、社会组织和个人自愿组成的全国性、行业性、非营利性的社会团体，中医药行业协会的主要职责是推动中医药事业的发展，维护行业利益，提供信息服务，开展培训和交流等，在中医药行业协会中，也有专门负责中医针灸师培训和考试的组织。
4、职业培训机构
职业培训机构是为了培养各类专业技能人才而设立的教育机构，在中医针灸师证办理过程中，一些专业的职业培训机构也会承担培训和考试的任务，这些培训机构通常会与国家中医药管理局、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会和中医药行业协会等相关部门合作，共同完成中医针灸师的培训和考试工作。
5、其他相关单位
除了上述主要的中医针灸师证办理机构外，还有一些其他相关的单位也会参与到中医针灸师证办理的过程中，一些中医药大学、中医医院、针灸诊所等可能会提供中医针灸师的培训课程，帮助学生掌握中医针灸技术，一些中医药研究机构和出版社也会出版相关教材和参考书籍，为中医针灸师的学习和考试提供支持。
中医针灸师证办理机构涉及多个部门和单位，共同推动中医针灸事业的发展，在申请中医针灸师证书时，考生需要关注各个部门和单位的政策动态，了解报名条件、考试内容和时间安排等信息，以便顺利通过考试并获得中医针灸师证书，考生还需不断提升自己的业务能力和综合素质，为今后的临床实践打下坚实的基础。