康复理疗师证颁发部门主要由卫生健康委员会(简称卫健委)负责管理，卫健委是中华人民共和国国务院的组成部门，主要负责全国卫生健康工作的规划、监管和管理，康复理疗师证的颁发和监督，是卫健委履行职责的重要内容之一。
目前，我国康复理疗师证颁发部门主要包括以下几个机构组织：
1、卫生健康委员会(简称卫健委)
卫健委作为国家级卫生健康管理部门，负责全国范围内康复理疗师证的颁发和管理，卫健委下设多个司局，其中包括卫生职业医学司，负责职业卫生和康复医疗工作的监督管理，在康复理疗师证的颁发过程中，卫生职业医学司会根据相关政策和标准，对申请者进行审核和评估，确保康复理疗师具备相应的专业能力和素质。
2、中国康复研究中心
中国康复研究中心是我国康复领域的权威机构，负责康复科学研究、技术推广和人才培养等工作，在中国康复研究中心，康复理疗师可以接受系统的专业培训和实践锻炼，提高自身专业水平，中国康复研究中心还会定期发布康复理疗师培训和考试的相关政策和指南，为申请者提供参考。
3、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会
除了中央层面的卫健委外，各省、自治区、直辖市卫生健康委员会也承担着康复理疗师证颁发的职责，各级卫生健康委员会会在卫健委的指导下，制定本地区的康复理疗师培训和考试政策，组织开展康复理疗师的培训和考试工作，各级卫生健康委员会还会对本地区康复理疗师的从业情况进行监管，确保康复理疗服务质量和安全。
4、社会培训机构
为了满足康复理疗师市场需求，我国还存在大量社会培训机构，这些培训机构通过开展康复理疗师培训课程，帮助学员取得康复理疗师证书，由于监管不到位，部分社会培训机构的教学质量和服务水平参差不齐，在选择康复理疗师培训机构时，申请者需要注意核实机构的资质和口碑，以确保所获得的证书具有较高的权威性和认可度。
康复理疗师证颁发部门主要包括卫健委、中国康复研究中心、各省、自治区、直辖市卫生健康委员会和社会培训机构等，在申请康复理疗师证书时，申请者需要关注这些部门的政策动态和培训要求，以便顺利通过考试并获得证书，申请者还需关注康复理疗行业的发展趋势和市场需求，不断提升自己的专业能力和素质，为我国康复事业的发展做出贡献。