中医调理师资格证书的发放部门主要有两个，分别是国家中医药管理局和各省、自治区、直辖市中医药管理部门，这两个部门都是经过国务院批准设立的，具有权威性和代表性，因此在发放中医调理师资格证书方面都是非常权威的。

国家中医药管理局是中华人民共和国国务院直属事业单位，负责全国中医药事业的管理和监督工作，其主要职责包括制定中医药发展规划、政策和标准，组织实施中医药人才培养、科技发展、国际交流与合作等，国家中医药管理局下设多个司局，其中包括职业资格与技术等级管理司，负责中医药人才的职业资格认定和管理，由国家中医药管理局发放的中医调理师资格证书具有很高的权威性。

各省、自治区、直辖市中医药管理部门则是在国家中医药管理局的基础上，负责本地区的中医药管理工作，这些部门根据国家中医药管理局的统一规划和要求，制定本地区的中医药人才培养、事业发展和管理制度，在中医调理师资格证书的发放方面，各省、自治区、直辖市中医药管理部门也会严格按照国家中医药管理局的标准和程序进行审核和认定，确保证书的权威性和有效性。

无论是国家中医药管理局还是各省、自治区、直辖市中医药管理部门，都是在各自领域内具有权威性的部门，在中医调理师资格证书的发放方面，这两个部门都会严格遵循相关法律法规和标准，确保证书的权威性和有效性，从权威性角度来看，这两个部门发放的中医调理师资格证书都是非常有保障的。